俗話(huà)說“工(gōng)欲善其事，必先利其器”，在搞科研的過程中(zhōng)“升級打怪”，又(yòu)怎能少的了一(yī)些利器加持呢?下(xià)面就爲大(dà)家分(fēn)享12個實用的在線數據分(fēn)析小(xiǎo)工(gōng)具!

　　1.熱圖

　　熱圖，主要使用漸變顔色來展現數據在不同樣本中(zhōng)的變化規律，工(gōng)具除了支持爲熱圖添加分(fēn)組注釋條，也可以指定展示特定的文字标簽，即使繪制上百個基因的熱圖，基因标簽也不會重疊在一(yī)起。

　　2、GO、KEGG富集分(fēn)析工(gōng)具

　　OmicShare的GO、KEGG富集分(fēn)析工(gōng)具非常強大(dà)，隻需上傳目的基因文件，即可進行常見物(wù)種的GO、KEGG富集分(fēn)析。分(fēn)析結果中(zhōng)，直接包含數據可視化結果，比如柱狀圖、圈圖、網絡圖等。

　　3、GSEA工(gōng)具

　　GSEA分(fēn)析(Gene Set Enrichment Analysis)不會對基因預過濾，能夠有效彌補傳統富集分(fēn)析對微效基因的有效信息挖據不足等問題，更全面地對某一(yī)功能單位(通路、GO term或其他)的調節作用進行解釋。

　　4、基因ID轉換工(gōng)具

　　如果是拟南(nán)芥、牛、山羊、秀麗線蟲、果蠅、斑馬魚、雞、人、猕猴、小(xiǎo)鼠、籼稻、水稻、大(dà)鼠、酵母、番茄、豬、小(xiǎo)麥、玉米這18種常見物(wù)種的Gene stable ID/Gene name/NCBI gene ID/Gene_Synonym這四種ID類型，可以直接使用OmicShare Tools的基因ID轉換工(gōng)具進行轉換。

　　5.差異分(fēn)析

　　差異分(fēn)析就是計算兩組樣本之間差異表達的基因。OmicShare差異分(fēn)析工(gōng)具是參照軟件edgeR和DESeq2對兩組樣本間的基因差異顯著性進行分(fēn)析的。

　　6、韋恩圖

　　在文獻中(zhōng)，韋恩圖(Venn diagram)還是比較常見的，在高通量數據分(fēn)析中(zhōng)，常用于展示不同樣本(或比較組)間共有或特有基因的數量。使用OmicShare的動态豐度維恩圖和維恩圖工(gōng)具，除了繪制組數更多的花瓣Venn圖，也可以直接上傳原始的數據表格，自動指定阈值進行篩選數據并繪制Venn圖。

　　7、桑基圖

　　桑基圖(SanKey Plot)非常适合展示數據的流動變化，輸入關聯分(fēn)析數據或其他數據繪制桑基圖，查看數據的流向，或展示數據間的關聯。

　　8、文字雲圖

　　文字雲(Word Cloud)，不同的單詞代表不同的類别，字号大(dà)小(xiǎo)對應數值的大(dà)小(xiǎo)(如單詞的出現次數)。常用于展示關鍵單詞的屬性數值大(dà)小(xiǎo)(如頻(pín)數、表達量、基因數等)，單詞可以是文獻關鍵詞、基因Symbol号、GO term等。

　　9、箱型圖

　　顯著性箱線圖，它能直觀展示每個分(fēn)組的整體(tǐ)數據分(fēn)布、中(zhōng)位數信息、數據上下(xià)限等。通過添加顯著性标記，還能直觀看到兩組間、多組間的顯著性差異信息。

　　10、山巒圖

　　山巒圖(Ridgeline plots)，本質上是多個核密度曲線圖的相互重疊組合，也可以看作是隻有半個“小(xiǎo)提琴”的橫向小(xiǎo)提琴圖，主要用于展示和比較數據(比如基因的表達量、物(wù)種的豐度等)的分(fēn)布情況。

　　11、方差分(fēn)析

　　方差分(fēn)析工(gōng)具，支持Bartlett test方差齊性檢驗、單因素方差分(fēn)析(one-way ANOVA)，同時提供Fisher's LSD(Least Significant Difference)、Tukey's HSD (honest significant difference)、Games-Howell這3種多重比較方法供用戶選擇。

　　12、多組差異散點圖

　　多組差異散點圖，以組間差異倍數的對數值log2FC爲縱坐标，以比較組的名稱爲橫坐标，可一(yī)次性展示多個比較組的差異基因。一(yī)般而言，對于傳統的火(huǒ)山圖，一(yī)張圖一(yī)次隻能展示一(yī)個比較組的差異基因，而多組差異散點圖可視作多組“火(huǒ)山圖”，可一(yī)次性展示多個比較組的差異基因。

　　當然在線數據分(fēn)析小(xiǎo)工(gōng)具還有更多其它的，這裏就不一(yī)一(yī)詳細說明了，以上可供大(dà)家參考。